El navío de 74 cañones SMC San Juan Nepomuceno inmortalizó su nombre en el combate naval de Trafalgar. Había sido botado en 1766 en los astilleros cántabros de Guarnizo, primero de una serie de seis navíos de línea basados en el sistema Gautier de construcción naval. De arboladura clásica, con palos trinquete, mayor y mesana, su dotación era de 530 hombres y estaba artillado con 28 cañones de a 26 libras, 30 de a 18 y 16 de a 8, instalados en las dos cubiertas inferiores y en la superior. Su larga vida marinera le hizo participar en episodios destacados como la toma de Pensacola, la guerra contra la Francia Revolucionaria y las guerras contra Inglaterra.
En Trafalgar, el 21 de octubre de 1805, integrado en la escuadra combinada hispano-francesa, el veterano navío se batió con extrema dureza bajo el mando del brigadier Cosme Damián Churruca, primero contra dos, luego contra cuatro y finalmente contra seis navíos ingleses. Muerto Churruca, muerto su segundo comandante Moyúa, el navío se vio obligado a rendirse cuando ya estaba desarbolado de vergas y masteleros, con el costado de babor destrozado, 15 cañones desmontados y 5 balazos a flor de agua, y tenía más de 100 muertos y casi 200 heridos a bordo, incluidos todos sus oficiales. Conducido a Gibraltar, donde quedó como pontón bajo el nombre de HMS San Juan, las autoridades británicas ordenaban descubrirse a quienes visitaban la cámara del comandante Churruca, en cuya memoria se colocó allí una placa. El navío fue vendido y desguazado en 1818.
Por su defensa gloriosa, no sólo fue el terror, sino el asombro de los ingleses. Éstos necesitaron refuerzos. Necesitaron seis contra uno.
Benito Pérez Galdós Trafalgar